メダカが水質や水温、環境の変化にストレスを感じ、抵抗力が低下して病気にかかってしまった可能性があります。
まずは激しく泳ぐ個体メダカを隔離しましょう。
急激な水温変化はなかったか、水質は悪化してないか、エサの量や回数は適切か、密度は適切かを確認して原因を把握しましょう。ヒーターで水温を28℃くらいまで徐々に上げる、水換え、塩浴などで様子見を。

pHショックは水槽の引っ越しや水換えのときに、急激にpH（水に含まれる水素イオン濃度指数を表す数字。数字が小さいと酸性・大きいとアルカリ性となる ）が変化しショック状態が起きることです。pHショックを起こしてしまうと、残念ながら回復する見込みはかなり低くなります。
メダカを購入した時は丁寧に水合わせをする、水換えは少量ずつpHを確認しながら行うなど、pHショックが起こらないよう事前に対策することが大切です。

白点病や尾ぐされ病にかかり、クルクル回って体をこすりつけ、不快感を軽減しようとしている可能性があります。病気の症状が出ていないか確認して個体を隔離、塩浴や薬浴を行いましょう。水槽では水換えを行い、塩水、魚病薬、塩素や日光等で殺菌、滅菌消毒しておきます。
白点病の場合は水温をやや高め（28～30℃）にすると白点虫の増殖を抑えることができます。水温を水槽用ヒーターで少しずつ高くしていきましょう。
症状が見られたメダカを水槽に戻すときは水合わせを忘れずに。

メスの周りをオスがクルクル回っているなら、繁殖行動でラブコールを送っているだけの可能性もあります。早朝に行うことが多く、産卵が見られれば特に対処は必要ありません。

上下に激しく泳ぐなら、アンモニア・亜硝酸中毒の可能性があります。メダカの排泄物やエサの食べ残しといった有機物は、強い毒性のあるアンモニアを発生させます。ろ過バクテリアがアンモニアを亜硝酸に変化させてくれますが、亜硝酸も毒性があり、放置しておくとメダカがアンモニア・亜硝酸中毒になることもあります。

• エサの与えすぎ
• 個体が多い
• 水質悪化

などが原因である可能性がありますので、水換えを行うか水槽を分けて個体数を減らしましょう。
亜硝酸試薬を使って、水質をチェックすることもできます。

メダカは急激な環境変化やストレスに弱いお魚です。不安や恐怖を感じると激しく飛び跳ねて水面を揺らしたり、泳ぎ回ったりします。この動きは本能的に備わっているものなので、特に気にする必要はありません。
水換えによる負担や、水温変化などに気をつけましょう。

正しい水換えのタイミングについてはこちら

また元々、メダカは産卵に最適な環境を求めて障害物を飛び越えたり、川を登ったりする習性があります。
活発に泳いでいるだけ、という可能性もありますので、心配しすぎないようにしましょう。